مصادر مباشرة
وتشمل إلقاء النفايات الصناعية وفضلات محطات معالجة النفايات في المسطحات المائية دون أي عمليات تدوير ومعالجة.
مصادر غير مباشرة
وتشمل الملوثات القادمة من التربة كالمبيدات والمخصبات إضافة لملوثات الغلاف الجوي المتساقطة على شكل أمطار حمضية، فعلى سبيل المثال، التخلص الخاطئ من النفايات الصناعية ، المخصبات والمبيدات المستخدمة في النشاطات الزراعية يتخلل التربة ويصل للمياه الجوفية ويلوثها.
ملوثات هواء الغلاف الجوي الناتجة عن النشاطات البشرية كالانبعاثات الصناعية ودخان وغازات عوادم السيارات تتكثف وتهطل على شكل أمطار حمضية تلوث المسطحات المائية.
الصناعة: تلقي المشاريع الصناعية العديد من النفايات الكيميائية السامة في البحار والأنهار والبحيرات مؤدية لتدمير المسطحات المائية.
وأفضل مثال لتلوث المياه ما حدث باليابان عام 1950 م، عندما قام أحد المصانع المحلية بإلقاء نفايات صناعية غير معالجة تحتوي على الزئبق في خليج ميناماتا لمدة 20 عاماً، مما أثر على السلسلة الغذائية من خلال تناول أسماك التونة لكميات من الزئبق السام وبتناول سكان المنطقة لأسماك التونة ظهرت عليهم العديد من المشاكل الصحية كفقد حاسة السمع والبصر، إضافة لموت الآلاف منهم، كما ظهرت العديد من تشوهات الولادة على المواليد.
الزراعة: من الشائع في الممارسات الزراعية استخدام كميات كبيرة من المبيدات والمخصبات الكيميائية لتحسين نوعية وكمية الإنتاج، وعندما تسقط الأمطار تعمل على غسل تلك الكيمياويات وتلقي بها في الأنهار والبحيرات والبحار مؤدية لتلويث المياه السطحية والجوفية.
النقل البحري: قد يحدث تسرب للنفط خلال عمليات الشحن عبر مياه البحار، وتسرب نفط إكسون فالديز المأساوي عندما غرقت ناقلة نفط في الأسكا عام 1989م، محدثة تسرب 24000 برميل من النفط في مياه المحيط، كما يحدث التلوث بتفريغ ماء التوازن وبقايا النفط من خزانات الناقلات في مياه البحار.
النشاطات المنزلية: يتم إلقاء العديد من المنظفات، إضافة لعدد من المواد الكيميائية المستخدمة في تنظيف الملابس والصحون والحمامات في المسطحات والمجاري المائية، مما يحفز نمو الطحالب و يتسبب في تدمير البيئة البحرية لحجب تلك الطحالب لضوء الشمس وحرمان النباتات والكائنات البحرية الأخرى من ذلك الضوء، كما يؤدي إلقاء مياه المجاري غبر المعالجة في مياه البحار والمحيطات لانتشار الأمراض المعدية.
إلقاء النفايات: يعتبر إلقاء النفايات تصرفاً مألوفاً في العديد من المناطق، إلا أن لبعض الدول إرشادات وقوانين صارمة بهذا الخصوص، فالعامة من الشعب يقومون بإلقاء نفايات كالمواد البلاستيكية والعديد من الأشياء الأخرى التي تدمر الحياة البحرية.